Суть проблеми в тому, що якщо з рейду вийняти саме перший диск, то Grub-2 не захоче завантажувати систему. Як варіант, можна поставити завантажувач Lilo по цій інструкції.
Покопавшись день в гуглі, нашкрябав просте рішення. Після установки Debian Squeeze на RAID-1 потрібно встановити завантажувач на другий диск. Робиться це так:
dpkg-reconfigure grub-pc root (hd0,0) setup (hd0)
Відмічаю зірочками обидва завантажувальних диска в рейді /dev/sda та /dev/sdb. Далі в /etc/default/grub потрібно розкоментувати рядок: